Ποινική δίωξη για ένα κακούργημα, αυτό της κατάχρησης εξουσίας και 4 πλημμελήματα ασκήθηκε από την εισαγγελία Πρωτοδικών της Αθήνας σε βάρος της επικεφαλής της εισαγγελίας Διαφθοράς, Ελένης Τουλουπάκη, με βάση τη παραγγελία του αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ευ. Ζαχαρή ο οποίος διενέργησε την έρευνα για τους δικονομικούς χειρισμούς στην υπόθεση της Novartis.
Η δίωξη ήταν μονόδρομος για την εισαγγελία Πρωτοδικών, καθώς ο προϊστάμενος ήταν υποχρεωμένος να εκτελέσει την παραγγελία του ανώτερου του αντεισαγγελέα του ΑΠ κ. Ευάγγελου Ζάχαρη. Τα αδικήματα για τα οποία ασκήθηκε δίωξη εις βάρος της κυρίας Τουλουπάκη εκτός από την κατάχρηση εξουσίας σε βαθμό κακουργήματος είναι και για κατάχρηση εξουσίας σε βαθμό πλημμελήματος, παράβαση καθήκοντος κατ εξακολούθηση, ψευδή βεβαίωση κατ εξακολούθηση, παραβίαση δικαστικού απορρήτου και παράβαση του νόμου περί προσωπικών δεδομένων (πλημμελήματα).
Η δικογραφία έχει ήδη διαβιβαστεί σε ανακριτή. Παράλληλα όμως ανοίγει άλλη μια έρευνα προκειμένου να ερευνηθούν και άλλες καταγγελομένες πράξεις από τις μηνύσεις των κ.κ Σαμαρά Βενιζέλου και Λοβέρδου. Την ίδια ώρα από την εισαγγελία Πρωτοδικών διατάχθηκε προκαταρκτική εξέταση με βάση τα περιγραφόμενα στο πόρισμα του δεύτερου αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Λάμπρου Σοφουλάκη, ο οποίος σε σχέση με την Ελένη Τουλουπάκη ζητεί αρχειοθέτηση.
Η νέα εισαγγελική έρευνα που ξεκινάει για την αναζήτηση ενδεχόμενων ποινικών ευθυνών τον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ι. Αγγελή, την τέως επικεφαλής της εισαγγελίας Διαφθοράς Ελένη Ράικου, οι οποίοι είχαν εξεταστεί τόσο κατά τη διάρκεια της προκαταρκτικής ενώπιον του Αρείου Πάγου όσου και ενώπιον της Βουλής για την «υπόθεση Παπαγγελόπουλου», όπως επίσης και τους κατηγορούμενους στην υπόθεση της Novartis Νίκο Μανιαδάκη και Κων. Φρουζή καθώς και τον μάρτυρα Ν. Μιανία. Τέλος σε ό,τι αφορά τους δυο επίκουρους Χρ. Ντζούρα και Χρ. Μανώλη ο φάκελος μπαίνει στο αρχείο καθώς και οι δυο ανώτατοι εισαγγελικοί λειτουργοί ότι δεν προκύπτουν στοιχεία σε βάρος τους.
