Η πανδημία προκάλεσε ανομοιογενείς απώλειες ΑΕΠ μεταξύ των κρατών μελών της ΕΕ. Ο οικονομικός αντίκτυπος υπήρξε ανομοιογενής εξαιτίας διαφόρων παραγόντων, όπως οι διαφορές στη διάρθρωση των οικονομιών και των στρατηγικών υγείας για την καταπολέμηση της πανδημίας, καθώς και ο διαφορετικός αντίκτυπος των απαγορευτικών που επιβλήθηκαν, στους τομείς της οικονομίας.
Οι κυβερνήσεις ενέκριναν ευρύ φάσμα βραχυπρόθεσμων δημοσιονομικών μέτρων διακριτικής ευχέρειας προκειμένου να ανταποκριθούν στην κρίση που έπληξε τους τομείς της υγείας και της οικονομίας. Το μέγεθος και η σύνθεσή τους αντικατόπτριζαν τον σχετικό πλούτο των κρατών μελών, και όχι τον βαθμό στον οποίο αυτά επλήγησαν από την κρίση.
Εν γένει, τα κράτη μέλη ενέκριναν μέτρα σύμφωνα με τις κατευθυντήριες οδηγίες της ΕΕ στον τομέα της πολιτικής αντιμετώπισης κρίσεων. Στη συντριπτική πλειονότητά τους τα μέτρα αυτά συνίσταντο σε καθεστώτα διατήρησης θέσεων απασχόλησης και κρατικές ενισχύσεις για την παροχή στήριξης ρευστότητας σε επιχειρήσεις. Ωστόσο, η σύνθεση των δεσμών δημοσιονομικών μέτρων στα διάφορα κράτη μέλη ήταν ανομοιογενής.
Στη βάση αυτή το Ευρωπαϊκό Ελεγκτικό Συνέδριο προειδοποίησε πρόσφατα πως η κρίση της πανδημίας μπορεί να εντείνει τον κίνδυνο οικονομικών αποκλίσεων μεταξύ των κρατών μελών. Στους παράγοντες πολιτικής που μπορεί να επιτείνουν τον κίνδυνο αυτό συγκαταλέγονται, μεταξύ άλλων, οι διαφορές στη δημοσιονομική κατάσταση και οι στρεβλώσεις του ανταγωνισμού, που οφείλονται στη διαφορετική ικανότητα των κρατών μελών να εφαρμόζουν μέτρα κρατικών ενισχύσεων.
Οι αυξανόμενες αποκλίσεις μπορούν επίσης να αποτελέσουν απόρροια των υψηλών και επίμονων ποσοστών ανεργίας, των επενδυτικών κενών και των κινδύνων για τη χρηματοπιστωτική σταθερότητα σε περίπτωση που ο οικονομικός αντίκτυπος εξαπλωθεί στον χρηματοπιστωτικό τομέα.
Η πανδημία ενδέχεται να διευρύνει τις δημοσιονομικές αποκλίσεις μεταξύ των κρατών μελών. Σύμφωνα με το Ευρωπαϊκό Ελεγκτικό Συνέδριο, αναμένονται μεγαλύτερες αυξήσεις του δημόσιου χρέους το 2020 στις χώρες όπου ήταν ήδη υψηλότερο πριν από την κρίση. Αυτό οφείλεται ιδίως στην αυξημένη επίπτωση των απωλειών ΑΕΠ στους δείκτες χρέους των χωρών με υψηλό χρέος. Παραδείγματος χάριν, η επίπτωση των απωλειών ΑΕΠ στους δείκτες χρέους είναι υψηλότερη στην Ελλάδα, την Ιταλία και την Ισπανία, χώρες που αναμένεται επίσης να συγκαταλέγονται μεταξύ εκείνων που θα υποστούν τη μεγαλύτερη συρρίκνωση του ΑΕΠ τους το 2020.
Παρά τις διαφορές στη φύση της τρέχουσας και της προηγούμενης κρίσης της περιόδου 2008-2013, υπάρχει ισχυρή συσχέτιση μεταξύ των απωλειών ΑΕΠ στα διάφορα κράτη μέλη, κάτι που μπορεί να θέσει νέες προκλήσεις για την οικονομική σύγκλιση εντός της ΕΕ:
Αναμφισβήτητα η Ελλάδα, η Ιταλία και η Ισπανία φαίνεται να συγκαταλέγονται στις οικονομίες που επλήγησαν περισσότερο κατά τη διάρκεια και των δύο κρίσεων.