Οι Παξοί θα είναι η περιοχή που θα πάρει μετά την Κέρκυρα την αδειοδότηση του δεύτερου υδατοδρομίου στην Ελλάδα, καθώς υπεγράφη η απόφαση έγκρισης Περιβαλλοντικών Όρων (ΑΕΠΟ) για το «Υδατοδρόμιο Παξών».
Η συγκεκριμένη Περιβαλλοντική Αδειοδότηση έχει ιδιαίτερη βαρύτητα, καθώς το «Υδατοδρόμιο Παξών» θα λειτουργεί εντός της ζώνης του Λιμένα Γάιου που είναι περιοχή Natura 2000, Τόπος Κοινοτικής Σημασίας, καθορισμένη ως Ειδική Ζώνη διατήρησης (ΕΖΔ), σύμφωνα με τις διατάξεις του Ν.3937/2011 περί Βιοποικιλότητας.
Το υπουργείο Περιβάλλοντος & Ενέργειας έχει αναλάβει κομβικό ρόλο στο εγχείρημα «αδειοδοτήσεις υδατοδρομίων», συντονίζοντας τις συναρμόδιες υπηρεσίες, ώστε να εγκρίνονται χωρίς καθυστερήσεις οι περιβαλλοντικοί όροι των υδατοδρομίων.
Με αφορμή την υπογραφή της ΑΕΠΟ του «Υδατοδρομίου Παξών», η Ελληνικά Υδατοδρόμια συναντήθηκε στο υπουργείο Περιβάλλοντος & Ενέργειας με τον υπουργό Παναγιώτη Σκουρλέτη, ο οποίος μετά τη συνάντηση δήλωσε: «Στόχος μας είναι την ερχόμενη καλοκαιρινή σεζόν να έχει δημιουργηθεί ένα αρχικό δίκτυο υδατοδρομίων που θα αποφέρει σημαντικά οφέλη στην οικονομία της χώρας, δημιουργώντας θέσεις εργασίας και συμβάλλοντας στη διασύνδεση μικρών και απομονωμένων νησιών και στην ανάπτυξη των τοπικών κοινωνιών.
Το υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας εργάζεται εντατικά για την επιτάχυνση της περιβαλλοντικής αδειοδότησης των υδατοδρομίων για τα οποία έχουν ήδη κατατεθεί τα σχετικά αιτήματα και δρομολογεί την απλοποίηση των διαδικασιών περιβαλλοντικής αδειοδότησης για τα μελλοντικά αιτήματα. Ηδη έχει λάβει άδεια λειτουργίας το υδατοδρόμιο της Κέρκυρας, ενώ έχουν λάβει περιβαλλοντική αδειοδότηση τα υδατοδρόμια της Αγίας Μαρίνας Γραμματικού, της Σκύρου, της Αλονήσου και των Παξών, και σύντομα θα λάβουν τα υδατοδρόμια Θεσσαλονίκης, Βόλου, Σκοπέλου, Ρεθύμνου και Ηρακλείου Κρήτης».
Η άδεια του υδατοδρομίου Παξών θα ανήκει στην ιδιοκτησία του Οργανισμού Λιμένος Κέρκυρας A.E., ενώ φορέας λειτουργίας θα είναι η «Υδατοδρόμια Βορείου Ιονίου ΕΠΕ», μικτή εταιρεία με εταίρους τον «ΟΛΚΕ Α.Ε.» και την «Ελληνικά Υδατοδρόμια».