Υπογράμμισε ότι η διατήρηση του παρόντος καθεστώτος, το οποίο αναγνωρίζεται και διεθνώς και δημοσίως, είναι ουσιαστικής σημασίας, διαφορετικά θα υπονομευθούν η ανεκτικότητα στην Τουρκία και το άνοιγμα της γειτονικής χώρας.
Ο Μαργαρίτης Σχοινάς, μιλώντας στην ολομέλεια του ευρωπαϊκού κοινοβουλίου για την πολιτιστική ανάκαμψη της Ευρώπης, τόνισε ότι «η Αγία Σοφία είναι σύμβολο διαθρησκειακού και διαπολιτισμικού διαλόγου.
Είναι μέρος της παγκόσμιας κληρονομιάς της UNESCO, είναι μουσείο, είναι σύμβολο. Είναι επίσης σύμβολο μιας πόλης, η οποία από μόνη της συμβολίζει τις αξίες που θα θέλαμε να επικρατούν στον σημερινό κόσμο».