Σε περίπτωση καθυστέρησης υποβολής έως και 30 ημέρες από την παρέλευση της προθεσμίας, η δήλωση γίνεται δεκτή από το σύστημα μόνο μετά την πληρωμή ηλεκτρονικού παραβόλου 200 ευρώ. Μετά την πάροδο των 30 ημερών η υποβολή επιτρέπεται ύστερα από πληρωμή ηλεκτρονικού παραβόλου 800 ευρώ.
Υπόχρεος που παραλείπει να υποβάλει δήλωση μετά την πάροδο 60 ημερών από την παρέλευση της προθεσμίας υποβολής (αποκλειστική προθεσμία τριών μηνών από την λήξη της προθεσμίας υποβολής της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος) ή υποβάλει ανακριβή ή ελλιπή δήλωση, τιμωρείται με φυλάκιση και με χρηματική ποινή έως 100.000 ευρώ.
Ανακριβής θεωρείται και η δήλωση όταν τα δηλωθέντα στοιχεία ή η επαύξηση αυτών δεν δικαιολογείται από τα πάσης φύσεως νομίμως αποκτηθέντα εισοδήματα. Τέλος, αν ο υπόχρεος τελεί το αδίκημα με σκοπό την απόκρυψη περιουσιακού στοιχείου αξίας άνω των 30.000 ευρώ, τιμωρείται με φυλάκιση τουλάχιστον δύο ετών και με χρηματική ποινή από 10.000 ευρώ έως 500.000 ευρώ.
Παράλληλα, ποινικές ευθύνες υπέχουν και οι σύζυγοι που παραλείπουν την κατάθεση της δήλωσης Πόθεν Έσχες. Ο έλεγχος των στοιχείων της δήλωσης γίνεται εντός 5 ετών από τη λήξη του έτους υποβολής και σε περίπτωση τέλεσης ποινικών αδικημάτων μπορεί κατ’ εξαίρεση να διενεργηθεί μέχρι τη συμπλήρωση της ποινικής παραγραφής.
Τέλος επισημαίνεται ότι όσοι όσοι καλούνται για έλεγχο και δεν ανταποκρίνονται προβλέπεται πρόστιμο της τάξης των 50 ευρώ -300 ευρώ, που εισπράττεται κατά τον Κώδικά Είσπραξης Δημοσίων Εσόδων.